A Fülöp-szigeteki partraszállás hevenyészve összecsapott hadművelet volt, melynek szokatlan módon nem volt főparancsnoka. A flotta és a hadsereg nem egyeztetett, és nem hangolta össze a tevékenységét. Nimitz nagylelkűen MacArthur parancsnoksága alá rendelte az egész Hetedik Flottát, melyhez a régi csatahajók is tartoztak, míg a korszerű egységekből álló, és a flotta fő csapásmérő erejének számító Harmadik Flotta, melynek feladata a várható japán ellentámadás elhárítása volt, William Halsey parancsnoksága alatt önállóan tevékenykedett. A két flotta tevékenysége nem volt kellően összehangolva, és a köztük levő kommunikáció is akadozott, ami később sok probléma forrása lett.
A japánok szintén szétaprózták erőiket, három, egymástól gyakorlatilag függetlenül tevékenykedő hajórajra osztva őket. A tervek szerint a hadműveletet Ozawa Jisaburo tengernagy északról érkező köteléke nyitotta volna meg, melynek faladata az volt, hogy a figyelmet magukra vonva elcsalogassák az amerikai főerőket Leyte közeléből. A partraszálló erők elleni támadást ezután Kurita Takeo tengernagy nyugatról, és Shima Kiyohide altengernagy délről érkező köteléke hajtotta volna végre, harapófogóba kapva a Leyténél álló amerikai erőket. Kurita és Shima kötelékének a légifedezetét a szigeteken állomásozó, Onishi Takajiro altengernagy irányította légierő biztosította volna. Elvileg mindegyik támadó csoportot Toyoda Soemu tengernagy irányította volna a tokiói főhadiszállásról, azonban a japán rádió-összeköttetés teljesen csődöt mondott. Toyodának végig fogalma sem volt róla, mi történik a Fülöp-szigetek környékén, tehát nem volt lehetősége semmilyen központi irányításra.