A béke rövid éveit Duguay-Trouin nagyrészt a szárazföldön töltötte, St.Malóban, és Brestben vásárolt birtokán. Még a békekötés évében, 1697-ben, egy újabb párbajba keveredett, természetesen ezúttal is permanens nőügyei miatt. A helyi rendőrfőnök azonban tudomást szerzett a készülő párbajról, és mivel az ilyesmi hivatalosan tiltott szórakozás volt, lecsukatta mindkét gavallért.
Mint a haditengerészet tisztje, Trouin természetesen részt vett a flotta éves hadgyakorlatain is. A háború kitörése a 110 ágyús Dauphine Royal sorhajó elsőtisztjeként érte.
Ez azonban inkább csak névleges beosztás volt. A Dauphine Royal, a többi francia sorhajóhoz hasonlóan, ugyanis leszerelve vesztegelt a kikötőben, és amúgy is éppen leselejtezés előtt állt. Trouint a hadüzenet után gyorsan fel is mentették ebből az állásából, és olyan feladattal látták el, amely lehetővé tette számára, hogy képességeit a lehető legjobban ki tudja fejteni az ország javára. Ez a feladat természetesen a brit kereskedelmi hajózás elleni portyázó hadviselés volt, melyet Duguay-Trouin ezúttal már nem korzárként, hanem a haditengerészet tisztjeként hajtott végre. Megbízása szerint egy négy fregattból álló kötelék parancsnokságát kellett volna átvennie, hogy ezekkel a brit szigetektől északra vadásszon az angol és holland kereskedelmi hajókra. Brestbe érkezve azonban rá kellett jönnie, az egész támaszponton összesen két felszerelt, és hadra fogható fregatt van csupán, a 38 ágyús Bellone, és a 24 ágyús Railleuse. Ezekkel indult tehát útra, és hogy kötelékét erősítse, felkért két St.Malói korzárhajót is, hogy csatlakozzanak hozzá.