A lázadó hajók elfogott tengerészei elleni tömegperek július végén kezdődtek el. A hatóságoknak egy ideig problémát okozott, hogy pontosan miként is kezeljék a történteket, hadbíróság elé való katonai lázadásként, vagy a polgári törvénykezés hatálya alá tartozó politikai bűncselekményként. A kormány nyomására végül az előbbi mellett döntöttek, lázadásért ugyanis súlyosabb büntetéseket szabhattak ki, melyek elrettentő például szolgálhattak a többiek számára.
A Prut tengerészei közül végül 44 főt állítottak bíróság elé. A lázadás négy vezetőjét halálra ítélték, 16 tengerészt kényszermunkára, hatot átvezényeltek a haditengerészet büntető zászlóaljához. A többieket a lázadás szervezésében való részvételt tanúsító bizonyítékok hiányában felmentették. A halálos ítéleteket szeptember 19-én végrehajtották.
A Georgij Pobedonoszec letartóztatott tengerészei közül hármat ítéltek halálra, ötvenkettőt pedig életfogytiglani, vagy 4-20 évig terjedő szabadságvesztésre, illetve kényszermunkára. A halálra ítéltek közül egynek a büntetését kegyelemből életfogytiglanra enyhítették, a másik két tengerészt szeptember 29-én kivégezték.
A felmentettek sem örülhettek felhőtlenül. Sokakat elbocsátottak a haditengerészettől, a megbízhatatlan elemek közül pedig több száz embert áthelyeztek a Távol-Keletre, az Amuri Flottához. (A Távol-Keletre – vagy a Kaszpi-tengerre – való áthelyezés a cári haditengerészetnél általában büntetésnek számított, illetve a kegyvesztettség jele volt, míg a Fekete-tengeri Flottához való áthelyezés többnyire jutalomnak minősült.)
A Veha, a No.267 torpedónaszád, és a Patyomkin Constantából hazatérő, illetve Feodiszjánál elfogott tengerészei ellen augusztus elején kezdődött meg az eljárás. Összesen végül 68 embert állítottak bíróság elé. A tárgyalást a novemberben kitört szevasztopoli matrózfelkelés félbeszakította, és végül csak következő év februárjában születtek meg az ítéletek. Három tengerészt ítéltek halálra, de büntetésüket később kegyelemből 15 év kényszermunkára enyhítették. (Egyikük öt évvel később a börtönben halt meg.) Négy tengerészt 3-10 év börtönbüntetésre ítéltek, a többieket felmentették. Alekszejev hadnagyot és Kaluzsnij zászlóst, valamint Golenko doktort szintén felmentették, de a bíróság úgy ítélte meg, teljesen mégsem hunyhatnak szemet afelett, hogyha kényszer hatására is, de együttműködtek a lázadókkal, ezért – rangjuk megtartása mellett – mindhármukat elbocsátották a szolgálatból.
Viszonylag enyhe ítéletek születtek tehát, ami nyilván az országban közben lassan enyhülő helyzetnek volt köszönhető. A forradalmi megmozdulások tovább tartottak, de láthatóan lassan kezdtek kifulladni, a flotta és a hadsereg pedig a kisebb-nagyobb lázongások ellenére lojális maradt a cári hatalomhoz, amely tehát továbbra is támaszkodhatott a fegyveres erőkre. Nem volt tehát már szükség példát statuálni.