A Valdivia elfoglalását követően Valparaisóba visszatérő hajók a következő hónapokat a Peru ellen tervezett hadjáratra való készülődéssel töltötték. Elvégezték a már régóta esedékes nagyjavításokat, feltöltötték a készleteket, és kiegészítették a hiányos legénységi állományt. A legnagyobb gondot ezúttal is a pénzhiány okozta. Cochrane folyamatos közelharcot vívott a chilei minisztériumokkal és hatóságokkal, hogy flottája megkapja a szükséges ellátmányt, és főleg, hogy elegendő összeget utaljanak át ahhoz, hogy a legénység zsoldját rendszeresen fizetni tudják. A szárazföldi beállítottságú chilei vezetéssel nehéz volt elfogadtatni a flotta igényeit, és az ellátási nehézségek a továbbiakban sem szűntek meg. Ennek következményeként a flottához szegődött angol és amerikai tengerészek többsége szerződése lejártával csomagolt, és távozott a flottától. A tisztekkel is akadt éppen elég gond. A mindenhonnan összeverbuvált tisztikar egyáltalán nem volt egységes, állandó volt a civakodás és a széthúzás, a tisztek folyamatosan rivalizáltak egymással, féltékenyek voltak egymás sikereire, és főleg egymás fizetésére. Gyakoriak voltak a párbajok is. Cochrane számára igen komoly gondot jelentett, hogy egy ilyen nagyon alacsony fegyelmi szinten álló testülettel biztosítani tudja a szolgálat megfelelő ellátását.
